急性肾盂肾炎经常是由革兰阴性杆菌所引起，约占70@@@#xFF05;以上，其中大肠埃希杆菌为常见，其次是变形杆菌，克雷白杆菌，产气杆菌，铜绿假单胞菌等;革兰阳性细菌约占20@@@#xFF05;，常见的为链球菌和葡萄球菌，近年来研究发现有些大肠埃希杆菌株表面有P纤毛，其黏附素与尿路上皮细胞特异性P纤毛大肠埃希杆菌受体结合，黏附于尿路上皮引起急性肾盂肾炎，P纤毛的黏附素分为Ⅰ级，Ⅱ级，Ⅲ级，其中具有Ⅱ级黏附素的菌株与急性肾盂肾炎紧密相关，血行性感染仅约30@@@#xFF05;，多为葡萄球菌感染。

急性肾盂肾炎感染的细菌主要来自尿路上行感染，当用各种器械检查或者经尿道手术时，细菌可由体外带入，经尿道上行感染，但更常见的是移居于会阴部的肠道细菌经尿道，膀胱，输尿管至肾脏。尿路梗阻和尿流停滞也是急性肾盂肾炎常见的诱因，尿路在梗阻以上部位扩张和积液，有利于细菌繁殖，引起急性肾盂肾炎。