急性肾盂肾炎严重的并发症是中毒性休克。产气型肾盂肾炎是一种很少见但可致命的肾盂肾炎，通常见于糖尿病患者，由致病菌(常是大肠杆菌的某一菌株)释放气体进入感染组织所致。

在得到充分治疗后，又无其他肾脏疾病或尿路畸形，急性肾盂肾炎通常可，并不引起肾脏瘢痕或持续性肾脏损害，相反在肾脏未完全发育成熟的婴幼儿，尤其是并发于肾脏疾病或尿路畸形的急性肾盂肾炎，常引起持续肾脏损害和瘢痕。